Im Mai 1962 wurde Milton Obote Regierungschef von Uganda und am 9. Oktober 1962 erreichte Uganda fast ein Jahr später als der Nachbarstaat
Tansania die Unabhängigkeit von Grossbritannien.
Milton Obote versprach dem volk Ugandas eine Verbesserung des Lebensstandards und die Kontrolle über die Wirtschaft. Seine erste Regierungszeit von 1962 bis 1971 war jedoch ausgefüllt mit Auseinandersetzungen um die Macht im Staat, für die er zuerst eine Allianz mit „kapitalistischen" Bauer, Kaufleuten und Beamten gegen die traditionalistische Oberschicht bildete. Kleinbauern, Landarbeiter und ungerlernte Arbeiter („das Volk") fanden in der neuen Politik keine Berücksichtigung. Ihre Lebensumstände wurden immer schwieriger. Die Öffentlichkeit machte dafür die indisch-pakistanischen Kaufleute und Unternehmer verantwortlich und manche von ihnen verliessen
Uganda. Die Mehrheit der Zuwanderer entschied sich jedoch für einen verbleib und ein Teil nahm sogar die ugandische Staatsbürgerschaft an.
Die Verfassung des neuen Uganda war ein Kompromiss aus den Vorschlägen den Zentralisten und Föderalisten und mehr oder weniger das Produkt der mit den Vorbereitungen der Unabhängigkeit befassten britischen Kommission. Sie schuf einen Staat, der aus 15 Regionen mit recht unterschiedlichen Organisationsformen bestand. Buganda war gemäss Verfassung eine konstitutionelle Monarchie mit Sonderrechten, wie der indirekten Wahl der Parlamentsabgeordneten. Die Oberschicht hatte sich gegen Landreformen der Zentralregierung abgesichert: Veränderungen in den Bodenbesitzverhältnissen durften nur mit zustimmung des Buganda-Königs vor sich gehen. Im übrigen rechneten die Baganda damit, aufgrund ihres Bildungsvorsprungs und ihrer Vertrautheit mit der politischen Arbeit im Rahmen der zu erwartenden Afrikanisierung die Führungspositionen in Uganda besetzen zu können: Abwarten und Erworbenes sichern hiess die Vorgabe.
Neben Buganda gab es noch vier weitere Königreiche: Bunyoro, Toro, Ankole und Busoga. In diesen Reichen hatten allerdings bereits vor der Unabhängigkeit die Könige auf die meisten rechte verzichten müssen. Die übrigen zehn Distrikte verwalteten Gouverneure der Zentralregierung. Ugandas Innenpolitik war zunehmend von gewalt geprägt und Ugandas Politiker waren zu unerfahren, um zu erkennen, dass Gewalt als Mittel der Politik immer neue Gewalt hervorbringt. Bald machten Gewalttäter auch keinen Unterschied mehr zwischen politischen und anderen Zielen.
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